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ドン・アー医師は、2人をつないでいる肛門と生殖器をベトさん側に約2.5cm多く残して全て分離した。その後、レ・キン医師、ボー・バン・タイン医師、ブー・タム・ティン医師らが骨を削った。
骨はとても硬く、ほんの少しでも削り方を間違えれば、ドクさんが今後「大人になる可能性」がなくなってしまう恐れがあった。そのためドン・アー医師は、分離後の各器官の構造を守るため、削るべき正しい位置を自らの指先で指し示した。削る位置を誤れば、ドン・アー医師の指も削られてしまうような状態だった。
2人が共有している肛門について、大腸は完全にベトさんの血管系統によって動いていた。ドクさんは、大腸の入り口の部分と肛門に接した直腸の出口の部分をベトさんと共有しているだけだった。ドクさんに肛門を分けるとすれば、ドクさんとベトさんの2人の血管によって動いている大腸の入り口と直腸の出口を残すしかない。
この2つの部分は離れた位置にあり、両方をつなぐには、今後ドクさんが自分で用を足せるようになることを保証する必要があった。手術チーム長は、ドクさんの腸を十二指腸から回転させ、胎児の時のような原始的な形にする案を打ち出した。大腸の入り口の部分は、右骨盤腔の代わりに左骨盤腔へ配置した。
これは、肛門を閉じる目的の他に、腹膜がないドクさんに腹部の下境界を作るという役割も果たしていた。そうしなければ、ドクさんの腸は腹部とくっつき、腸閉塞を起こす恐れがあった。その後、この計画は完全に正しかったことが証明され、フランスの新聞では「優秀な正確さ」と報じられた。
緊張状態の中、手術は15時間に及び、ドクさんの腹部を縫合し終えた時にはすでに真夜中になっていた。多くの医師たちは長時間に及ぶ手術で疲れ切っていたにもかかわらず、経過を見守るため手術室に留まっていた。
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